W 1809 roku miasto zostało włączone do Księstwa Warszawskiego, zachowując jednak osobną administrację. Po Kongresie Wiedeńskim Podgórze wróciło do granic Austrii, wsławiając się pomocą dla polskich powstańców w 1863 roku, wskutek czego doświadczyło licznych represji, obław i aresztowań.
W połowie XIX wieku zaborcy rozpoczęli budowę systemu fortyfikacji w obrębie Krakowa i Podgórza, m.in. ufortyfikowano Kopiec Krakusa. Pozostałości tego przedsięwzięcia można podziwiać do dziś wybierając się na Wzgórze Lassoty i zwiedzając Fort św. Benedykta.

Okres ten związany był również z rozwojem przemysłu. Ze względu na dostępność terenów i niższe koszty oraz dogodność transportu przenoszono tutaj i budowano nowe zakłady przemysłowe. Obecność surowców mineralnych sprzyjała powstawaniu przedsiębiorstw: wytwórni cementu Liban, kamieniołomów, cegielni, a także składów budowlanych. Przemysłowego charakteru nabierały również wsie i osady położone w pobliżu Podgórza np. Borek Fałęcki (zakłady sodowe – późniejszy "Solvay" – wybudowane w latach 1901-6), Płaszów, Ludwinów.
Ostatnie lata samodzielności Podgórza wiązały się z rozwojem miasta poprzez rozbudowę sieci komunikacyjnej oraz budowę gmachów użyteczności publicznej. Prezydent miasta Krakowa, Juliusz Leo, określił Podgórze jako "perłę w pierścieniu gmin Kraków otaczających." W 1915 roku Podgórze zostało oficjalnie włączone w obręb Krakowa.

Okres II Wojny Światowej to tragiczny okres w dziejach Podgórza. Od 1941 roku istniało na terenie dzielnicy getto żydowskie, założone przez niemieckich okupantów. 14 marca 1943 roku miała miejsce jego likwidacja, większość mieszkańców getta zginęła w komorach gazowych Auschwitz. W 1942 roku w Płaszowie stworzono obóz pracy dla Żydów i Polaków, później przekształcony w obóz koncentracyjny. Więźniowie zmuszani byli do ciężkiej pracy w nieludzkich warunkach, m.in. w kamieniołomie. W wyniku głodu, chorób i egzekucji zginęło w nim ok. 80 tysięcy osób.
Po II wojnie światowej Podgórze zmieniło w dużym stopniu swój charakter, okres PRL-u przyczynił się do przekształcenia go w zaniedbane przedmieście Krakowa. Od lat 70. zaczęły powstawać tu wielkopłytowe blokowiska m.in. Bieżanów, Kurdwanów, Na Kozłówce, Piaski Nowe, Prokocim, Ruczaj, Wola Duchacka.  W 1968 roku na miejscu zburzonego fortu na Krzemionkach powstał Krakowski Ośrodek Telewizyjny.