Ten kościół zachwyca od chwili przestąpienia jego progów. Niesamowita i nigdzie indziej niespotykana dekoracja na ścianach, w większości projektu Stanisława Wyspiańskiego, to unikat.

Podobnie jak witraże Wyspiańskiego ze słynnym „Bogiem Ojcem” na czele. W kaplicy Arcybractwa Męki Pańskiej obok kopii całunu turyńskiego znajduje się droga krzyżowa wykonana przez Józefa Mehoffera.

Kaplica do której warto zaglądnąć to kaplica Matki Boskiej Bolesnej. Znajduje się tam cudowny obraz Matki Boskiej Bolesnej w otoczeniu aniołów trzymających insygnia Męki Pańskiej. To wizerunek Smętnej Dobrodziejki czczony od wieków przez lud Krakowa.

Wnętrze kościoła tchnie duchem najstarszej historii Polski, ponieważ do jego powstania przyczynił się Bolesław Wstydliwy. Są tu pochowani synowie Władysława Łokietka.

Krużganki franciszkańskie oprócz gotyckich polichromii „opowiadają” historię Kościoła w Krakowie oraz jego biskupów poprzez umieszczone tam portrety.