Kościół spłonął prawie doszczętnie w wielkim pożarze Krakowa w 1850 roku i był kilkakrotnie odbudowywany. Jego wnętrze nie robi niesamowitego wrażenia, właśnie ze względu na skromność wystroju. Warto jednak podejść do ołtarza głównego, gdyż tam właśnie znajduje się płyta nagrobna Leszka Czarnego oraz Kallimacha – nauczyciela dzieci Kazimierza Jagiellończyka. Tą ostatnią projektował sam Wit Stwosz.

W kościele należy zwiedzić kaplicę świętego Jacka ze względu na unikalną w skali Polski dekorację stropu wykonaną przez Baltazara Fontanę i Karola Dankwatra.

W kaplicy Myszkowskich poraża swoim pięknem i przepychem marmurowa dekoracja i białe stiuki. Można tam także przypatrzeć się z bliska portretom tej osławionej familii.

Kaplica Różańcowa podkreśla zaś ciągle obecny związek Karkowa i krakowskich kościołów z historią Polski, gdyż tam właśnie pochowana jest matka oraz brat króla Jana III Sobieskiego.

Obecnie jest to bardzo popularny kościół zwłaszcza wśród młodzieży, ponieważ na niedzielną „dziewiętnastkę” przychodzi cały nastoletni Kraków.