Historia budowy tego kościoła łączy się z zakonem Jezuitów. Uroczysta konsekracja kościoła odbyła się 8 lipca 1635 roku. Obecnie potężna bryła kościoła św. Piotra i św. Pawła, zwieńczona wysmukła kopułą, jest jednym z głównych akcentów w panoramie Krakowa. Wzniesiony obok romańskiego kościoła św. Andrzeja, nadal kontrastuje skalą z sąsiednimi budynkami. Jest to kościół zbudowany na planie prostokąta o długości ponad dwukrotnie przekraczającej szerokość, w który wpisano formę krzyża łacińskiego utworzonego przez krótkie prezbiterium zakończone półkolistą absydą, równie krótki i szeroki transept oraz szeroką nawę główną.

Bardzo charakterystyczna jest wspaniała barokowa fasada z początku XVII stulecia. W jej dolnej kondygnacji umieszczono figury czterech świętych, których wydał zakon Jezuitów. Nad portalem wejściowym widoczne jest duże godło zakonu. W wyższej kondygnacji znajdują się figury patronów dynastii Wazów
(św. Zygmunt i św. Władysław), a na samym szczycie herb Wazów - Zygmunt III Waza, był fundatorem kościoła.

Wewnątrz kościoła warto zobaczyć stiukowe płaskorzeźby umieszczone w sklepieniu absydy, przedstawiające ukrzyżowanie św. Piotra i ścięcie św. Pawła. Poniżej tych rzeźb stoi ołtarz główny zaprojektowany przez Kacpra Bażankę.
Nad centralną częścią transeptu wznosi się najwyżej położona w Krakowie barokowa kopuła. Jej wnętrze jest zdobione stiukami, znajdują się w niej także figury czterech ewangelistów.