Kościół jest jedną z najczystszych stylowo gotyckich budowli w Krakowie. Ma on bardzo prostą budowę - kwadratowa ceglana nawa oraz prostokątne kamienne prezbiterium (węższe i niższe od nawy, pokryte osobnym dachem).

Wewnątrz niezwykłe jest palmowe sklepienie nawy, wsparte tylko na jednym, centralnym filarze symbolizującym biblijne drzewo życia. Na wschodniej ścianie znajduje się " Zwierciadło Grzesznika" (starzec siedzący na krześle wyrastającym z głębi studni) jest to jedyne zachowane tego typu przedstawienie w malarstwie polskim.

Obok kościoła znajduje się wczesnogotycka, kamienna plebania, która jest najstarszym zachowanym budynkiem mieszkalnym w Krakowie.