Kościół św. Floriana jest kolegiatą uniwersytecką. Jego lokalizację w tym miejscu legenda łączy ze sprowadzeniem relikwii św. Floriana do Polski. Według tradycji w tym miejscu w 1184 roku stanęły woły wiozące szczątki świętego i nie ruszyły dopóty, dopóki nie zdecydowano się postawić tam świątyni dedykowanej temu męczennikowi.

Obecna świątynia pochodzi z XVII wieku. Tu przez pewien czas spoczywały szczątki królowej Marii Ludwiki Gonzagi, żony Jana Kazimierza. W roku 1818 złożono tu trumnę ze szczątkami Tadeusza Kościuszki. Tu wreszcie Stanisław Wyspiański poślubił Teofilę Pytkównę. Od 17 sierpnia 1949 roku do końca sierpnia 1951 roku, w kościele tym pracował jako wikariusz ks. Karol Wojtyła - późniejszy papież Jan Paweł II.  Tenże papież w 1999 roku nadał kościołowi św. Floriana tytuł bazyliki mniejszej.