Z klasztorem Norbertanek związanych jest wiele tradycji i legend. Stąd wywodzą się zwyczaje, które przyjmuje się za charakterystyczne dla Krakowa i które są wizytówką miasta: przy klasztorze co roku w odbywa się tradycyjny odpust zwany Emaus. W oktawę Bożego Ciała w czerwcu sprzed kościoła Norbertanek rusza w kierunku Rynku pochód Lajkonika, bo jak podaje legenda, właśnie u stóp klasztoru przed wiekami włóczkowie pojmali Tatarów. Do klasztoru zmierza co roku procesja Arycybractwa Męki Pańskiej, gdzie na dziedzińcu klasztornym wita ich ksieni norbertanek.

Przez historię klasztoru przewijają się mroczne opowieści o napadach Tatarów, przed którymi kiedyś siostry uciekły na pobliskie wzgórze Sikornik (dziś bardziej znane pod nazwą Wzgórze św. Bronisławy). Jedna z nich, św. Bronisława, nie wróciła już do klasztoru – w okolicy dzisiejszego Kopaca Kościuszki miała swoją pustelnię.

Tajemnicą klasztoru jest również Dzwon Topielców. Są różne wersje tej legendy, a w klasztornych księgach pojawiają się zapisy o kłopotach z pękniętym dzwonem.