Odkąd w 1535 roku biskup Piotr Tomicki podniósł kościół Świętej Anny do godności kolegiaty, jest to główne miejsce kultu dla młodzieży uniwersyteckiej. Znajduje się tu również grób świętego Jana z Kęt.

Wchodząc do kościoła św. Anny zauważamy natychmiast niezwykłe bogactwo barokowego wnętrza: obfitość motywów zdobniczych, rozmaitość przedstawień rzeźbiarskich, rozmaitość reliefów i malowideł.
Całość założenia wspaniale oddaje cytat z rozmowy księdza Piskorskiego z twórcą stiuków we wnętrzu kolegiaty - Baltazarem Fontaną:
Podobnie jak dawny kościół, tak i obecny, ma pozostać pod wezwaniem św. Anny. Ona to gości w swym domu córkę Marię i syna jej Jezusa. W kościele ukazane mają być tajemnice zbawienia ludzkiego od wzięcia natury człowieka przez Jezusa aż po jego zmartwychwstanie. Na ołtarzu przedstawione ma być adorowanie przez św. Annę wnuczka, syna Marii, którego genealogia, według Ewangelii św. Mateusza, ukazana ma być na fryzie obiegającym cały kościół. Inne sceny wyrażać mają chwałę Pana Boga według ostatnich trzech psalmów Dawidowych.

Warto także zwrócić uwagę na znajdujący się w kościele późnobarokowy chór muzyczny. Jest to 25-głosowy instrument organowy z lat 1723-1726, zbudowany przez mistrza Szymona Szadkowskiego. Instrument zachował oryginalne brzmienie z czasów, w których powstał.