Powojenne idealne miasto socjalistyczne Nowa Huta miało być miastem bez kościołów, miało wychować nowych ludzi -  "oświeconych ateistów" bez obciążeń zabobonami, jak nazywali wiarę ideolodzy, którzy to miasto tworzyli. Jednakże ludzie,  którzy tu zamieszkali nie wzięli się „znikąd”. Zapragnęli aby w ich mieście stanął kościół. Dzielnie walczyli w obronie krzyża, na miejscu którego miał stanąć a który władze chciały usunąć.

Wspierał ich ówczesny biskup krakowski Karol Wojtyła - późniejszy papież Jan Paweł II. Po „trudnych” 16 latach od tego wydarzenia, konsekrował On osobiście Arkę Pana w roku 1976. Tym samym powstała największa ówczesna parafia w Europie - 100 tys. ludzi!!!

Kamień węgielny pochodzący z bazyliki świętego Piotra w Rzymie podarowany został przez papieża Pawła VI. Świątynia  stała się symbolem walki z totalitarną władzą. W stanie wojennym nabożeństwa fatimskie w „Arce Pana” były najbardziej pilnowanymi przez ZOMO uroczystościami religijnymi. Zazwyczaj kończyły się regularnymi bitwami ulicznymi.

Ojciec Święty Jan Paweł II, nawiązując do walki o krzyż i do budowy Arki Pana  powiedział: „Nie można oddzielić krzyża od ludzkiej pracy. Nie można oddzielić Chrystusa od ludzkiej pracy. To właśnie potwierdziło się tutaj, w Nowej Hucie. I to był ten nowy początek ewangelizacji na początku nowego tysiąclecia chrześcijaństwa w Polsce. Ten nowy początek przeżyliśmy razem. I ja zabrałem to ze sobą z  Krakowa do Rzymu jako relikwię”.