Kościół został ufundowany na początku XIII wieku i słynie przede wszystkim z Ołtarza Wita Stwosza. To wyjatkowe dzieło gotyku, na skalę świata. Składa się z dwustu złoconych figur wyrzeźbionych w drzewie lipowym. Za modeli służyli Stwoszowi mieszczanie krakowscy. Warto pamiętać, iż jego uroczysta odsłona odbywa się codziennie o godzinie 11.50 - wtedy właśnie najlepiej jest zwiedzać ten kościół.

 Główną sceną ołtarza, znajdującą się w środkowej szafie, jest Zaśnięcie Maryi Panny. Motyw kompozycyjny sceny oparty jest na popularnej w średniowieczu Złotej legendzie. Postać Maryi, podtrzymywana przez św. Jakuba Starszego, otoczona jest świadkami jej zaśnięcia. Nie wszyscy jeszcze zdają sobie z tego sprawę, jak zaczytany w księdze św. Piotr czy św. Jan. Ale pozostali apostołowie już zapatrzeni są w scenę Wniebowzięcia i Koronacji w asyście św. Wojciecha i św. Stanisława.

Z krzykiem rozpaczy zaczął uciekać na wieże Mariacką, aby z najwyższego pietra rzucić się w dół. Ujęła go jednak straż miejska. Został skazany na śmierć przez sąd w ratuszu. Kat ściął mu głowę na Krakowskim Rynku. Na pamiątkę tej legendy zawieszono nóż na odrzwiach sukiennic naprzeciw kościoła. Przy wejściu do bazyliki od strony placu Mariackiego zamontowana jest kuna (tzw. obręcz pokutników), którą zakładano dawniej na głowy szczególnych grzeszników. Obręcz pokutników była zamontowana na takiej wysokości, aby skazany na nią nie mógł ani wyprostować się, ani uklęknąć - co miało tym bardziej uprzykrzyć karę.

Co godzinę, z wyższej wieży kościoła usłyszymy hejnał krakowski, grany na cztery strony świata. Hejnał grany jest nieprzypadkowo cztery razy i na cztery strony świata: pierwszy raz w stronę Wawelu, dla króla (kierunek południowy). Drugi raz: w stronę Magistratu, dla Burmistrza (na zachód). Trzecie trąbienie jest dla Gości, a więc na północ, w kierunku Barbakanu, a ostatnie - dawniej dla kupców, a teraz dla Komendanta Straży, na Mały Rynek. Przed wiekami strażnik miejski trąbką dawał sygnał rano do otwierania, zaś wieczorem do zamykania bram miasta. Ale nie tylko. Trąbił na alarm, gdy dostrzegł pożar lub zbliżającego się wroga. Gdy Tatarzy, którzy często napadali na polskie wsie i miasteczka, doszli aż pod Kraków, strażnik zaczół grać hejnał. Zdążono zamknąć bramy miejskie, ale tatarska strzała przeszyła gardło hejnalisty, nim skończył melodię. Na pamiątkę tego zdarzenia melodia już zawsze urywa się.

W latach 1888-91 pod kierunkiem Jana Matejki nastapiła odnowa świątyni. Wtedy to powstała piękna polichromia i wielkie okno z witrażem Wyspiańskiego i Mehoffera