Reprezentacyjne Komnaty Królewskie
Ekspozycja ta obejmuje reprezentacyjne komnaty królewskie II piętra oraz znajdujące się na parterze mieszkanie wielkorządcy. W tych pomieszczeniach rozgrywały się ważne wydarzenia polityczne, odbywały się wielkie uroczystości, takie jak np. ślub króla Zygmunta Augusta z Elżbietą Austriaczką z Habsburgów.
Komnaty mają charakter renesansowy z wyjątkiem pomieszczeń północnego skrzydła, które mają wystrój barokowy.

Najcenniejsze są tu arrasy z kolekcji króla Zygmunta Augusta. Większość sal nosi nazwy od fryzów, które je zdobią, np. Sala Turniejowa, Pod Przeglądem Wojsk, Pod Zodiakiem. Niektóre z nich zaś – od funkcji, jakie pełniły: Sień, Sala Poselska, Senatorska lub prywatna kaplica królewska.
Unikatem w skali świata jest strop z renesansowymi głowami w Sali Poselskiej, czy też zdobiący ściany, między innymi, w Sali pod Ptakami, kurdyban.

Prywatne Apartamenty Królewskie
Apartamenty królewskie, pomieszczenia dla świty królewskiej oraz pokoje gościnne mieszczą się na I piętrze zamku. Funkcje niektórych pomieszczeń zmieniały się za panowania kolejnych monarchów. Komnaty położone na południe od klatki schodowej uniknęły zniszczenia w trakcie pożaru Wawelu z 1702 roku. W nich zachowały się renesansowe stropy i freski zdobiące ściany, a także gotycko – renesansowe portale. Możemy tu podziwiać malarstwo holenderskie jak również gobeliny, które zdobią większość komnat. Niezmiernie interesującym jest fakt, iż zwiedzając ta ekspozycję zobaczymy Sypialnię Królewską oraz prywatne apartamenty prezydenta Ignacego Mościckiego. Będziemy mieli tez okazje podziwiać wnętrza wież otaczających zamek królewski – Wieży Duńskiej, Kurzej Stopki, czy też Wieży Zygmunta III.
Ekspozycja ma limitowaną liczbę zwiedzających i można ją zobaczyć tylko z przewodnikiem.

Wawel Zaginiony
Ekspozycja ta obejmuje zachowane fragmenty najstarszych budowli wawelskich, detale architektoniczne oraz rzeźbiarskie, elementy dawnego wystroju wnętrz oraz zabytki kultury materialnej z epoki średniowiecza.
Najważniejszym obiektem tego rezerwatu architektonicznego jest Rotunda Najświętszej Marii Panny z X wieku, częściowo przebudowana przez Kazimierza Wielkiego.

Sztuka Wschodu
Wystawa ta obejmuje perskie i tureckie wytwory rzemiosła artystycznego, takie jak tkaniny, militaria i naczynia. Są to dary wschodnich władców lub zakupy królewskie, szlacheckie oraz łupy wojenne zdobyte zwłaszcza w czasie wojen z Turcją. Ekspozycja ta obejmuje również chińską i japońską porcelanę oraz naczynia fajansowe.
Warto zwrócić uwagę, iż najcenniejszymi eksponatami są tureckie namioty z XVII wieku.

Skarbiec Koronny
Początki skarbca koronnego wiążą się z koronacją Bolesława Chrobrego w 1025 roku. Jednakże jego zbiory, które swoją świetność przeżywały za panowania Zygmunta Augusta, nie przetrwały do dziś ze względu na rabunki skarbca dokonanego przez Prusaków w XVII w.,  a potem Niemców podczas II Wojny Światowej.
Do najcenniejszych eksponatów należy Szczerbiec – miecz, który według tradycji, był mieczem koronacyjnym królów polskich oraz miecz sprawiedliwości króla Zygmunta.
Unikatową wartość mają także regalia związane z Janem III Sobieskim: płaszcz kawalera Orderu Świętego Ducha dar Ludwika XIV oraz kapelusz i miecz poświęcony, ofiarowany królowi przez papieża Innocentego XI.
Skarbiec Koronny warto zwiedzić nie tylko ze względu na zachowane okazy złotnictwa polskiego, zachodnioeuropejskiego i orientalnego, wyroby z kości słoniowej, miniatury i medale, ale także aby zobaczyć gotyckie sklepienie żebrowe w Sali Kazimierza Wielkiego.

Zbrojownia
Zbiory Zbrojowni, dzięki darowi Brunona Konczakowskiego, należą dziś do najbogatszych w Polsce. Znajduje się tu głównie broń gotycka, renesansowa, manierystyczna i barokowa. Są to dzieła warsztatów włoskich, niemieckich, hiszpańskich i polskich. Możemy tu podziwiać wszelaką broń białą, ale także strzelby, pistolety, czy kusze. Największe wrażenie robią zbroje rycerskie oraz niezwykła kolekcja armat.
Możemy tu także podziwiać kopie chorągwi krzyżackich zdobytych pod Grunwaldem w 1410 roku odtworzone na podstawie dzieła Jana Długosza.